Иоанн достиг совершеннолетия в 1332 г. и принял титул герцога Нормандии, а также округа Анжу и графства Мэн. В этом же году сразу после своей свадьбы молодой жених был посвящён в рыцари в соборе Нотр-Дам в Париже. Взойдя в 1350 г. на французский престол и женившись вторым браком на вдове Филиппа Бургундского, он ввёл прямое королевское управление в Бургундском герцогстве. В 1356 г. Иоанн подверг тюремному заключению своего зятя, короля Наварры Карла Злого, претендовавшего на французский престол.
В ходе Столетней войны небольшая английская армия принца Уэльского (Чёрного принца, сына короля Эдуарда III) наголову разбила французское войско в битве при Пуатье. В день сражения 19 сентября 1356 года Иоанн II и 19 рыцарей из его личной охраны оделись одинаково, чтобы запутать англичан. Несмотря на эту предосторожность, Иоанн был взят в плен вместе со своим младшим сыном. Попав в окружение, французский король, как истинный рыцарь, сражался до конца, отбиваясь большим боевым топором. Пленённый король был отправлен в Англию, где провёл четыре года, окружённый подобающими ему почестями. В это время его старший сын дофин Карл пытался вывести Францию из тяжёлого кризиса. В 1360 г. в Бретиньи было заключено мирное соглашение. За возвращение своего короля Франция обязывалась заплатить 3 млн. золотых экю и лишалась почти половины своей территории. Вместо короля в качестве заложников в Англию отправлялись его брат Филипп Орлеанский и двое сыновей.
В январе 1364 г. Иоанн Добрый, узнав о бегстве из плена своего сына Людовика Анжуйского, вернулся в Англию, повинуясь законам рыцарской чести. Там он был встречен парадами и банкетами, но через три месяца заболел и умер. Его тело было перевезено во Францию и захоронено в усыпальнице аббатства Сен-Дени.